Kuljetusmuotojen kustannusrakenne vaihtelee. Metroliikenne on nopeaa ja edullista. Raitiovaunuliikenne on hitaampaa ja osaksi siksi kalliimpaa. Matkustajakilometrikustannuksiltaan bussiliikenne on raitiovaunuliikennettä edullisempaa mutta nousukohtaisilta kustannuksiltaan kalliimpaa. Kullekin kuljetusmuodolle löytyy Helsingin joukkoliikennejärjestelmästä oma roolinsa.
Raitiovaunu- ja metroliikenteessä ajokilometri- ja vaunutuntikustannukset ovat alentuneet vuodesta 2004, mutta bussiliikenteessä kasvaneet. On oletettavaa, että bussiliikenteen kustannustaso tulee jatkossa kas-vamaan muita liikennemuotoja nopeammin, kun kilpailuttamisen alku-vaiheen alihinnoitellut tarjoukset korvautuvat liikennöitsijöiden kannalta kannattavilla tarjouksilla